Výtoň byla starobylá instituce vybírající mýto ze dřeva připlaveného po Vltavě na pražský trh. Jméno vzniklo podle úkonu vytínání určitého množství dřeva ze svázaných vorů. V nejstarší době měla podobu ohrady na dřevo s jednoduchým objektem pro úřad výběrčích. Umístění celnice v dnešním objektu lze sledovat od 16. století. Objekt sloužil jako celnice, šenkovna a útulek pro plavce.
Dnešní budova zůstala na úrovni původní zástavby a nachází se v blízkosti tzv. výtoniště. Je to z větší části roubená, omítnutá, pozdně gotická stavba ze 16. století, ozdobená v 17. století pískovcovým novoměstským znakem.